真核生物细胞核中基因组高度压缩精密设置，但是又必须能在合适的时间进行正确的基因转录，而且不同类型的细胞和不同的发育时期又有不同要求，这项工作并不容易完成。

越来越多的研究表明基因组就和蛋白质一样，会形成有序的、层次性的结构，这与一些调控功能密切相关。

介绍了染色体折叠与基因表达之间的重大关联。这四个研究机构分别绘制出了胚胎干细胞和神经祖细胞中7个基因组位点之间的高分辨率架构图，以及分析了细胞重编程过程中的一些关键结构和因子的作用。

在这些研究中，研究人员发现了一种三维相互作用的层级结构，这能在干细胞分化过程中，以亚兆碱基（submegabase）的大小进行识别，这些相互作用的拓扑结构对于干细胞作用具有重要的影响，其中的蛋白也会影响分级影响基因组。

而通过比较OCT4基因位点的局部染色质结构，研究人员还发现有一个粘结蛋白复合物（cohesin complex）介导的染色质内袢环存在于一个下游增强子与基因启动子之间，促使激活了内源干性基因。而在未重编程细胞中则没有观察到任何这样的远程相互作用。当研究人员利用RNAi抑制粘结蛋白复合物基因SMC1时，发现其可破坏染色质内相互作用，影响多能性。

此外对于干细胞研究中的重要因子Nanog 和 Oct4 因子，研究人员发现Nanog 和 Oct4 一起来调节神经外胚层细胞(neuro-ectoderm cell)的分化，研究人员全面分析了这些因子在多能性，分化和重编程中的作用。