任何意图靶蛋白都有不止一种抗体可供选择，为缩小抗体的选择规模从中选取适宜的抗体，需要考虑如下三大要素：

一、分析试验的运用类型：一般抗体说明书都列出该抗体经试验验证过适用于何种分析类型，如：可以运用于WB IHC ICC ELASA 分析等，假设抗体说明书没有提及的运用类型，并不意味着该抗体不适用于此种分析运用类型，而仅是说明没有通过此种分析试验验证，假设抗体不适用 某些分析试验，则会在抗体说明书上标注出来不适于某分析试验。

二、样本蛋白的结构性质：了解样本蛋白的结构性质有助于选择适宜的抗体，至少两方面要素需求考虑：

1. 待测样本蛋白的结构域：抗体是由各种不同免疫原免疫宿主而制备得来，其间的免疫原包含：全长蛋白、蛋白片断、多肽、全有机体（如：细菌）或细胞，抗体说明书一般都有免疫原的描绘，假设方案检测的是蛋白片断或一种特别的同型物或蛋白全长的某一区域，则必须选择用含此片段域的免疫原制备出的抗体。假设方案用FACS 流式检测活细胞的表面蛋白，则需求选择含该表面蛋白的胞外域来免疫制备的抗体。

2. 样本的提取或处理过程：某些抗体要求样本通过某些特别处理，例如：许多抗体只辨认复原和变性的、表位已显露不受二级四级结构阻碍的蛋白样本，另一方面，某些抗体仅辨认天然折叠状态的蛋白。当选择免疫组化的抗体时，应留心某些抗体只辨认未固定的冷冻的安排，而另一些抗体则适用于无需抗原批改解交联步聚的甲醛固定白腊包埋的安排，这些都会在抗体说明书上运用部分标明出来。

三、样本的物种：应选择物种相同或有交叉反应的抗体，抗体可能与不同物种的同种靶蛋白有交叉反应，因其氨基酸序列同源性较高，假设国产ELISA试剂盒样本的种类未列入抗体说明书上的交叉反应种属表中，并不意味着该抗体不适用于检测该物种的蛋白，而仅仅表明该物种没有用此抗体检测验证过，应通过序列比对的方法来预测交叉反应，可运用Expasy 和 NCBI BLAST 来进行不同物种蛋白同源性比对。